Летом 1931 года кладбище Данилова монастыря, где в 1852 году был похоронен Н.В. Гоголь, было упразднено. Причиной этого стала организация на территории монастыря тюрьмы для несовершеннолетних. В те годы вместе с разрушенным кладбищем погибли могилы десятков людей, составлявших некогда славу России. Прах же Гоголя, Хомякова и Языкова был перенесен на кладбище Новодевичьего монастыря.

Профессор Литературного института, писатель Владимир Германович Лидин в 1931 году присутствовал на вскрытии могилы Гоголя и даже оставил об этом воспоминания.
«В июне 1931 года мне позвонил по телефону один из сотрудников Исторического музея. — Завтра на кладбище Донского монастыря будет происходить вскрытие могилы Гоголя, — сказал он мне, — приезжайте.
Я поехал. Был теплый летний день. По привычке я захватил с собой фотоаппарат. Снимки, которые я сделал на кладбище, оказались единственными. Одновременно с могилой Гоголя вскрывали в этот день могилы Хомякова и Языкова; прах их тоже подлежал перенесению...

...Могилу Гоголя вскрывали почти целый день. Она оказалась на значительно большей глубине, чем обычные захоронения. Начав ее раскапывать, наткнулись на кирпичный склеп необычной прочности, но замурованного отверстия в нем не обнаружили; тогда стали раскапывать в поперечном направлении с таким расчетом, чтобы раскопка приходилась на восток. И только к вечеру был обнаружен еще боковой придел склепа, через который в основной склеп и был в свое время вдвинут гроб...

...Начались уже сумерки, когда могилу, наконец, вскрыли. Верхние доски гроба прогнили, но боковые, с сохранившейся фольгой, металлическими углами и ручками и частично уцелевшим голубовато-лиловым позументом, были целы.

Вот что представлял собой прах Гоголя: черепа в гробу не оказалось, и останки Гоголя начинались с шейных позвонков: весь остов скелета был заключен в хорошо сохранившийся сюртук табачного цвета; под сюртуком уцелело даже белье с костяными пуговицами; на ногах были башмаки, тоже полностью сохранившиеся, только дратва, соединяющая подошву с верхом, прогнила на носках и кожа несколько завернулась кверху, обнажая кости стопы.
Башмаки были на очень высоких каблуках, приблизительно 4-5 сантиметров: это дает безусловное основание предполагать, что Гоголь был невысокого роста.

Когда и при каких обстоятельствах исчез череп Гоголя, остается загадкой. При начале вскрытия могилы, на малой глубине, значительно выше склепа с замурованным гробом, был обнаружен череп, но археологи признали его принадлежащим молодому человеку».

На счет пропавшего черепа великого писателя существует ряд версий. Так, согласно одной из них, которую приводит Лидин, в 1909 году, когда при установке памятника Гоголю на Пречистинском бульваре в Москве производилась реставрация могилы Гоголя, Бахрушин, будто бы, подговорил монахов Данилова монастыря добыть для него череп Гоголя. Так это или нет, но, вроде бы, в Бахрушинском театральном музее в Москве имелись три, неизвестно кому принадлежавшие, черепа: один из них предположительно и являлся черепом Гоголя.