Сюжет игры является логичным продолжением Mortal Kombat Gold и базируется на случайной находке колдуна Куан Чи. Он так быстро улепетывал от Скорпиона, который шел по его следу, что перебегая в портал из Преисподней, случайно угодил в гробницу Короля Дракона, бывшего первым и самым великим императором Внешнего Мира. Так же в гробнице обнаружены остатки некогда великой армии, ее обладатель станет непобедимым. Все бойцы этой армии мумифицированы, чтобы снова обрести жизнь, им требуются души, а кто разбирается в этом лучше известного колдуна Шанг Цунга.

Куан Чи находит своего коллегу и предлагает ему бессмертие и вечную молодость, в обмен на помощь, с воскрешением непобедимой армии и тот, конечно же, соглашается, рождается Deadly Alliance. Будучи людьми, достаточно практичными и наученными горьким опытом, колдуны решают избавиться от тех, кто может встать у них на пути к безраздельному господству. Первым в их списке становится нынешний император Шао Кан, который верит в свою непобедимость. Заговорщики идут на хитрость и присягают ему на верность, отпуская лестные эпитеты, а когда тот теряет бдительность, его быстро убивают. Следующим в списке идет многократный чемпион Смертельной Битвы Лю Кенг, даже он не смог противостоять двум велики колдунам и в итоге Шанг Цунг свернул ему шею, с удовольствием, отомстив за прошлые поражения, а в качестве бонуса получил душу великого война.

Когда все основные конкуренты были устранены, можно было вернуться во внешний мир и приступить к выполнению главного плана. Начинается ритуал воскрешения армии Короля Драконов, но Куан Чи и Шанг Цунг не учли прозорливость бога грома Рейдена. Тот отказывается от своего статуса старшего бога и возвращается на Землю, где собирает новую армию бойцов, чтобы противостоять альянсу.



В игре снова появляются новые персонажи, вперемешку со старыми.
Бо Рай Чо – Великий мастер единоборств, пришедший из Внешнего Мира, именно его урокам обязаны своим мастерством Лю Канг и Кунг Лао.
Драмин – Демон, пришедший из Небытия, чтобы сдерживать свою силу и контролировать ярость ,он носит специальную маску Кун-Ло.
Фрост – Ученица самого Саб-Зиро, которая владеет теми же силами что и он.
Мавадо – Член клана «Красный Дракон», основного конкурента клана «Черный Дракон», который он и планирует уничтожить.
Хсу Хао – Один из подчиненных Мавадо, уничтожил свежо образованное агентство, по исследованию Внешнего Мира на Земле. (АИВМ)
Кенши – Ослепленный юноша, который был одним из членов уничтоженной АИВМ, при этом его предал Куан Чи, за что тот и желает отомстить.
Нитара – Представительница некогда великой расы вампиров, которая была уничтожена вместе с их миром. Ищет возможность возродить былое величие.
Сайрекс – Сумел вернуть свою душу война, но при этом остался киборгом. Попал на службу в АИВМ и, получив задание во Внешнем Мире, застрял там, повредил свой модуль управления.
Джакс – Стальнорукий негр, отправившийся на поиски Хсу Хао, чтобы отомстить за уничтожение АИВМ и гибель своих коллег.
Джонни Кейдж – Голливудский актер, присоединившийся к силам земли, которые сражаются против Альянса.
Кано – Бывший член клана «Черный Дракон», всегда ищущий где хорошо платят и предложивший свои услуги Альянсу.
Китана – Тысячелетняя воительница, принцесса мира Эдении, сражается на стороне защитников Земли.
Кунг Лао – Монах Белого Лотоса, чья миссия вполне очевидна, он желает отомстить Шанг Цунгу, за то, что тот свернул башку Лю Кенгу.
Рейден – Бог грома, возглавивший сопротивление сил Земли.
Соня – Член АИВМ, которая ищет членов это организации, пропавших во Внешнем Мире.
Саб-Зиро – Возродил и реорганизовал клан Лин Куэй и встал во главе.