Создание в 3D не было необходимостью, что признали и сами создатели, это было веянием моды на подобные игры, так сказать, решили не отставать. Но просто так пользоваться чьими-то наработками они не хотели, поэтому стали создавать собственную базу, которую назвали «Зевс», но, не рассчитав силы и ресурсы, очень затянули с выходом новой игры и ее тестированием, поэтому оно происходило на платформах, предназначенных для двухмерных моделей. Разработчики поставили своей целью попытку сохранить дух игры в двухмерной модели, но перенести ее на трехмерную почву, что, в общем-то, было очень смело и ново, в то время, но сделано было очень коряво.

Во многом проблема состояла в том, что в двухмерной игре симулировать движение настоящих бойцов не было особой необходимости, так было не принято, достаточно было пары кадров и удар готов. Но в трехмерной плоскости наоборот, вся работа шла на то, чтобы движения были плавными, как у настоящих бойцов. Для некоторых игр файтингов в трехмерной плоскости, движения показывали настоящие мастера восточных единоборств, потом на них накладывали модели и получался виртуальный боец. Создатели Mortal Kombat 4 решили не прибегать к такому методу, а сохранить особенности двухмерной графики, сделав движения более резкими, без плавности настоящего боя. Задержки между нажатием на клавишу и ударом не было, в отличие от конкурентов. Хотя это было неожиданно и даже необычно, для 3D файтинга, придавая ему особый колорит, многих, такое поведение бойца на экране, разочаровало.

Чтобы полностью воссоздать трехмерные модели, их сняли с реальных актеров, которые ранее играли для двухмерных персонажей, так была упразднена система общепринятых спрайтов. Но при этом движения бойцов остались одинаковыми, по-прежнему отличаясь лишь по силе, что делало игру скучной и, во многом, однообразной. Так же персонажам добавили оружие, которое можно было доставать нажатием специальных клавиш, но различаясь внешне, по действию и выполнению удара, оно часто повторяло друг друга, еще больше навевая скуку на игрока.



Среди персонажей можно было увидеть как новые, так и привычные по прежним сериям старые лица.
Шиннок – Тот самый Старший бог, вернувшийся из Преисподней и главный злодей.
Куан Чи – Помощник Шиннока, который вызволил своего хозяина из темницы. Явственно проглядывается аналогия между Шао Каном и Шанг Цуном.
Фуджин – Бог ветра, который вместе с Рейденом сумел избежать расправы над богами.
Рейден – Бог грома, руководящий силами сопротивления на земле и один из последних выживших богов.
Таня – Дочь посла Эдении, мира который первым захватил Шиннок, благодаря ее предательству.
Кай – Один из монахов Шаолиня и союзник Лю Кенга.
Рейко – Генерал армии Шиннока, ведущий ее на Землю.
Джарек – Последний из оставшихся членов, некогда большого клана Черного Дракона.
Лю Кенг – Великий чемпион Смертельной Битвы, побеждавший и Шанг Цуна и Шао Кана, теперь его целью стал Шиннок.
Джакс – Член отряда специальных сил США, обладающий металлическими руками, он ищет свою командиршу Соню и члена клана Черного Дракона Джарека, которые пропали во внешнем мире.
Джонни Кейдж – Эта Голливудская звезда снова на турнире, благодаря тому, что его воскресил Рейден для борьбы против сил зла.
Рептилия – Теперь этот воин на стороне Шиннока, помогает ему вершить злобные дела.
Скорпион – Нанят лично Куан Чи, чтобы сражаться на стороне сил зла и помочь им сокрушить земное сопротивление.
Соня Блейд – Капитан отряда специальных сил США, находится во внешнем мире, чтобы поймать последнего члена клана Черный Дракон Джарека и покарать его.
Саб-Зиро – Видя в Шинноке явную угрозу, он решает помочь остановить Старшего бога.